O entendimento da agroecologia enquanto ciência coincidiu com a maior preocupação pela preservação dos recursos naturais nos anos 1960 e 70. Os critérios de sustentabilidade nortearam as discussões sobre uma agricultura sustentável, que garantisse a preservação do solo, dos recursos hídricos, da vida silvestre e dos ecossistemas naturais, e ao mesmo tempo assegurasse a segurança alimentar. Porém, só depois de 1970, quando agrônomos passam a enxergar o valor da ecologia nos sistemas agrícolas, que o termo começa a ser mais explorado e a agroecologia trabalhada com mais afinco, pois passa a ser entendida como campo de produção científica e como ciência integradora, preocupada com a aplicação direta de seus princípios na agricultura, na organização social e no estabelecimento de novas formas de relação entre sociedade e natureza.
A agroecologia é ainda uma ciência e uma prática em franca expansão. A partir dos anos 1980, as organizações não governamentais foram fundamentais na promoção e divulgação da agroecologia em todo o mundo e especialmente no Brasil. Nos últimos anos nota-se uma preocupação constante de universidades, centros de pesquisa e programas e projetos de extensão em trabalhar aspectos e características técnico-científicas, bem como os impactos sociais provenientes da prática agroecológica.
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